Matthias Hilpert studierte an der Universität Ulm und erwarb dort auch seine Promotion am Institut für klinische Physiologie, Arbeits- und Sozialmedizin.
Die Weiterbildung zum Facharzt absolvierte er überwiegend bei den Psychiatrischen Diensten Aargau AG (PDAG). Nach 5 Jahren Tätigkeit als Oberarzt im Hauptsitz der PDAG Königsfelden wurde er 2008 zum Leitenden Arzt ernannt und übernahm die ärztliche Leitung der stationären Allgemeinpsychiatrie. Im selben Jahr schloss er die Ausbildung in Health Care Management an der Universität St.Gallen ab.
Matthias Hilpert engagiert sich seit vielen Jahren im nationalen Tarifwesen und im Vorstand der kantonalen Fachgesellschaft. Sein fachliches Interesse gilt unter anderem den klinischen Methoden zur Neurostimulation in der Psychiatrie und der Psychopharmakologie.
Von 2015 bis 2022 war Dr. med. Matthias Hilpert Chefarzt und Zentrumsleiter des Zentrums für Psychiatrie und Psychotherapie stationär. Seit Oktober 2022 ist er als Chefarzt für die Interventionelle Psychiatrie in der Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie zuständig.